石部頭首工は、湖南地域の農地にかんがい用水を供給するための重要な取水施設です。
旧頭首工は、昭和29年に完成しましたが、その後の地域開発の進行等に伴う洪水流出量の増大に対応するため、平成11年から平成18年度にかけて、国営総合農地防災事業にて、旧頭首工の下流約100mの地点に、洪水流下能力を高めた新しい頭首工を建設しました。
新しい頭首工は、洪水吐部分の堰に空気を注入した日本で最大級のゴム引布製起伏堰(通称ゴム堰)を採用するとともに、魚道を1連から3連にするなど、最新の技術により自然環境に配慮した方式が採用されています。