水口頭首工は、国営野洲川農業水利事業により昭和30年7月に完成し、その後、昭和49年から昭和53年にかけて国営造成土地改良施設整備事業により洪水吐ゲート及び取水ゲート、護床工等の整備・補強が実施されました。
しかしながら、供用開始から50年が経過し、取水設備や洪水吐施設などの老朽化や損傷が顕著になってきたことから、国営造成土地改良施設整備事業により、平成18年度から平成21年度にかけて改修工事を実施しました。
野洲川ダムや石部頭首工と時を同じくして改修工事が完了したことから、今後とも野洲川中流地域の基幹施設として一体的に地域農業の発展に貢献していくことが期待されています。